概要

生命科学の問題を題材として、構造化・テストされた再現可能なプログラムを書くために必要なスキルを基礎から丁寧に学んでいく勉強会を開催します。是非お気軽にご参加ください！

本勉強会ではMastering Python for Bioinformaticsに沿って、バイオインフォマティクスとプログラミングを学ぶための問題解決プラットフォームであるRosalindで公開されている14の課題に取り組みます。

主な内容としては以下となります。

• 外部パラメータを用いたコマンドラインPythonプログラムの作成
• テストコードの書き方とテストを用いたリファクタリングの実行
• Pythonのデータ構造やBiotythonなどを用いたバイオインフォマティクス処理の作成
• Makefileを使用した再現可能なワークフローの作成
• FASTAやFASTQのようなバイオインフォマティクス関連フォーマットの解析
• 正規表現を使ったテキストのパターン検索
• filter()、map()、reduce()などのPythonの高次関数の使用

予習は必須ではありませんが、参加者の理解を深められるようなご意見コメントを頂けると運営が喜びます。

参考資料の構成

1. Tetranucleotide Frequency: Counting Things
2. Transcribing DNA into mRNA: Mutating Strings, Reading and Writing Files
3. Reverse Complement of DNA: String Manipulation
4. Creating the Fibonacci Sequence: Writing, Testing, and Benchmarking Algorithms
5. Computing GC Content: Parsing FASTA and Analyzing Sequences 👈 今回の問題！！
6. Finding the Hamming Distance: Counting Point Mutations
7. Translating mRNA into Protein: More Functional Programming
8. Find a Motif in DNA: Exploring Sequence Similarity
9. Overlap Graphs: Sequence Assembly Using Shared K-mers
10. Finding the Longest Shared Subsequence: Finding K-mers, Writing Functions, and Using Binary Search
11. Finding a Protein Motif: Fetching Data and Using Regular Expressions
12. Inferring mRNA from Protein: Products and Reductions of Lists
13. Location Restriction Sites: Using, Testing, and Sharing Code
14. Finding Open Reading Frames

電子版を購入されたい方はGoogl Play BooksがKindleより安く提供されているようです（参加者の方より）

スケジュール

実施方法

当日はGoogle Meetを使用します。URLは参加者に事前に通知いたします。

参加費

無料