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Mar

18

【第14回】ゼロから始めるゲノム解析(Python編)

Mastering Python for Bioinformatics

Organizing : Bioinformatics Tokyo

Hashtag :#BIT
Registration info

参加枠

Free

FCFS
13/19

発表枠

Free

FCFS
1/1

参加者への情報
(参加者と発表者のみに公開されます)

Description

概要

生命科学の問題を題材として、構造化・テストされた再現可能なプログラムを書くために必要なスキルを基礎から丁寧に学んでいく勉強会を開催します。是非お気軽にご参加ください!

本勉強会ではMastering Python for Bioinformaticsに沿って、バイオインフォマティクスとプログラミングを学ぶための問題解決プラットフォームであるRosalindで公開されている14の課題に取り組みます。

主な内容としては以下となります。

  • 外部パラメータを用いたコマンドラインPythonプログラムの作成
  • テストコードの書き方とテストを用いたリファクタリングの実行
  • Pythonのデータ構造やBiotythonなどを用いたバイオインフォマティクス処理の作成
  • Makefileを使用した再現可能なワークフローの作成
  • FASTAやFASTQのようなバイオインフォマティクス関連フォーマットの解析
  • 正規表現を使ったテキストのパターン検索
  • filter()map()reduce()などのPythonの高次関数の使用

予習は必須ではありませんが、参加者の理解を深められるようなご意見コメントを頂けると運営が喜びます。

参考資料の構成

  1. Tetranucleotide Frequency: Counting Things
  2. Transcribing DNA into mRNA: Mutating Strings, Reading and Writing Files
  3. Reverse Complement of DNA: String Manipulation
  4. Creating the Fibonacci Sequence: Writing, Testing, and Benchmarking Algorithms
  5. Computing GC Content: Parsing FASTA and Analyzing Sequences
  6. Finding the Hamming Distance: Counting Point Mutations
  7. Translating mRNA into Protein: More Functional Programming
  8. Find a Motif in DNA: Exploring Sequence Similarity
  9. Overlap Graphs: Sequence Assembly Using Shared K-mers
  10. Finding the Longest Shared Subsequence: Finding K-mers, Writing Functions, and Using Binary Search
  11. Finding a Protein Motif: Fetching Data and Using Regular Expressions
  12. Inferring mRNA from Protein: Products and Reductions of Lists
  13. Location Restriction Sites: Using, Testing, and Sharing Code
  14. Finding Open Reading Frames 👈 今回の問題!!

電子版を購入されたい方はGoogl Play BooksがKindleより安く提供されているようです(参加者の方より)

スケジュール

時間 内容
20:00-20:05 会・問題の説明
20:05-20:10 各自解法を考える
20:10-20:50 Finding Open Reading Frames
20:50-21:00 質疑、解説以外の解法の共有、雑談

実施方法

当日はGoogle Meetを使用します。URLは参加者に事前に通知いたします。

参加費

無料

Feed

kohsuke

kohsukeさんが資料をアップしました。

03/18/2022 21:02

Group

Bioinformatics Tokyo

Number of events 31

Members 304

Ended

2022/03/18(Fri)

20:00
21:00

You cannot RSVP if you are already participating in another event at the same date.

Registration Period
2022/03/04(Fri) 23:00 〜
2022/03/18(Fri) 21:00

Location

Meet

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Organizer

Attendees(14)

kato44

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【第14回】ゼロから始めるゲノム解析(Python編)に参加を申し込みました!

yoshitaka

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yukiyama999999999999999999913

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katoooo

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smilekazuhiro

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urakiyonobu

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YoshiharuSato

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malo21st

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toimaru1013

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kimoton

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Attendees (14)